Standardy zawarte w kolorowych księgach definiują fizyczne wymiary płyt oraz ich strukturę. Żółta Księga nie mówi jednak nic o sposobie umieszczania na płycie plików i nadania im nazw. Zagadnienie to może być rozwiązane na różne sposoby w zależności od systemu plików, jaki umieścimy na płycie kompaktowej. Od dokonanego wyboru będzie zależało, czy umieszczane na krążku pliki zachowają długie nazwy i polskie litery oraz czy będą mogły być odczytane w różnych systemach operacyjnych.
System plików jest to zestaw reguł i zasad według których dane mają zostać zapisane na określonym nośniku. W przypadku dysków twardych każdy plik musi mieć przyporządkowaną informację w tablicy alokacji o jego wielkości oraz w jakich sektorach się znajduje. Podobnie jest w przypadku płyt CD z tym , że plik może zostać zapisany tylko w jednym ciągu , bez jakichkolwiek przerw w odczycie. Dane na temat formatu plików zapisany jest w obszarze Lead-In w TOC-u , bez którego dane na CD nie mogą zostać odczytane poprawnie przez czytniki CD-ROM.
Wraz z utworzeniem pierwszych krążków CD-ROM, zastanawiano się nad wprowadzeniem jednolitego i kompatybilnego ze sobą standardu. Pierwszym z "uniwersalnych" systemów plików był HSF (High Sierra Format), później jednak zaczęto stosować bardziej uniwersalny system stosowany do dziś, mianowicie ISO 9660. Wraz z rozwojem format ISO rozwijano o kolejne poziomy Level 1, 2, 3. Wkrótce także konkurencja postanowiła wdrożyć inne formaty : MS-DOS, Rock Ridge, Romeo, HFS, UDF. Ciekawostką na tym polu jest format Joliet - który zapisywany jest w SVP (Secondary Volume Description) i nie koliduje z formatem ISO, przez co nośnik odczytywany jest w każdym systemie operacyjnym obsługującym format ISO i zachowuje przy tym długie nazwy plików.
High Sierra: jeden z najstarszych, dziś już nieużywany, system plików. Z punktu widzenia użytkownika miał możliwości zbliżone do systemu FAT16 używanego przez MS-DOS.
ISO 9660: norma ta definiuje system plików, który jest stosowany niemal na każdej płycie CD-ROM i CD-R. Standard obejmuje trzy poziomy (levels), różniące się dopuszczalną długością nazw plików oraz zestawem znaków, jakich można w nich użyć. Level 1 to najbardziej podstawowa wersja normy 9660, pozwalająca na używanie nazw złożonych z ośmiu znaków i trzyznakowego rozszerzenia. Dopuszczalnymi znakami są tu litery, cyfry i znak podkreślenia. Tak przygotowane nośniki mogą być odczytane praktycznie przez każdy komputer wyposażony w czytnik CD. Liczne programy do nagrywania płyt pozwalają na utworzenie systemu plików ISO 9660 Level 1, zawierającego większy zestaw znaków (np. wykrzyknik, kreska, znak procentu). Praktyka pokazuje, że dyski takie są na ogół poprawnie obsługiwane.Poziom 2 (Level 2) dopuszcza stosowanie nazw złożonych z 31 znaków. Niestety, ta odmiana normy ISO nie zyskała tak dużej popularności jak poziom 1 i nie jest obsługiwana przez niektóre systemy operacyjne (DOS, Windows 3.1 x). Poziom 3 ISO jest obecnie wykorzystywany do pakietowego zapisu danych i zdobywa coraz większą popularność.
MS-DOS Character Names: To system plików wywodzący się z formatu ISO9660 Level 1. Różnicą pomiędzy tymi systemami jest możliwość stosowania w nazwach plików i katalogów wszystkich znaków dopuszczanych przez system MS-DOS dla komputerów PC.
Rock Ridge: rozszerzenie normy ISO 9660, zapewniające zgodność z systemami plików stosowanymi w środowisku Unix. Na płycie utworzonej w specyfikacji Rock Ridge rozróżniane są zatem nazwy plików pisane dużymi i małymi literami. Mogą być także używane tzw. linki symboliczne. Standard Rock Ridge nie jest obsługiwany przez Windows, a płyty z tym systemem plików mogą być nagrywane tylko w Uniksie lub Linuksie.
HFS (Hierarchical File System) : stosowany podczas nagrywania płyt na komputerach Macintosh. Przygotowane w ten sposób płyty mogą być odczytane przez systemy Linux i OS/2, a w przypadku Windows wymaga to zainstalowania specjalnego oprogramowania.
Joliet: najpopularniejszy, opracowany przez Microsoft standard. Pozwala na nadawanie plikom umieszczanym na CD długich nazw (do 64 liter) oraz używanie w nich znaków narodowych (np. polskie literki z ogonkami). Atutem specyfikacji Joliet jest to, że może (a nawet musi) ona współistnieć obok zwykłego systemu ISO 9660. Oznacza to, że płyta zgodna z omawianym standardem będzie bez problemu odczytana praktycznie przez każdy komputer - stare maszyny nie zauważą po prostu systemu Joliet i będą się odwoływały do danych za pośrednictwem metod opisanych w normie ISO. Nagrywając własną płytę kompaktową, pamiętajmy więc, aby umieścić na niej zawsze system plików ISO 9960 Level 1 oraz Joliet.
Romeo: konkurencja dla Julii (Joliet), opracowana przez firmę Adaptec. Chociaż system ten był doskonalszy od propozycji Microsoftu (między innymi obsługiwał nazwy o długości do 128 znaków), nie został zaakceptowany przez inne firmy i już zniknął z rynku.
UDF (Universal Disk Format) : Universal Disc Format to rodzina trzech systemów plików, które poza nazwą mają ze sobą niewiele wspólnego. UDF 1.02, używany wyłącznie na dyskach DVD, jest obsługiwany przez systemy Windows 98 i nowsze. UDF 1.5 zaś to podstawowy system stosowany podczas pakietowego zapisu płyt CD-RW, gdy nośnik traktowany jest tak jak pojemna dyskietka. Aby było to możliwe, w systemie należy zainstalować program do zapisu pakietowego (np. Ahead InCD lub Roxio PacketCD).Odczyt płyty zapisanej zgodnie ze specyfikacją UDF 1.5 w innym komputerze wymaga zainstalowania darmowego sterownika UDF, oferowanego np. przez firmę Ahead. Jedynym wyjątkiem jest Windows XP, w który podobne mechanizmy wbudowano fabrycznie.Ostatni system z rodziny UDF nosi oznaczenie 2.0 i jest wykorzystywany do zapisywania programów telewizyjnych na płytach DVD przez stacjonarne nagrywarki DVD+RW. Niestety, tak przygotowane dyski nie są dotąd odczytywane przez czytniki komputerowe.